| Имя и воинское звание |
Должность |
Время пребывания на должности |
| А.Н. Сенявин (контр-адмирал, с 4.06.1769 г. вице-адмирал) |
Командующий флотилией |
1768—1776 гг. |
| А.Ф. Баранов (контр-адмирал) |
Младший флагман |
1773 г. Скончался во флотилии |
| В.Я. Чичагов (контр-адмирал) |
Младший флагман |
1774 г. |
| И.М. Селиванов (генерал-кригс-комиссар) |
Руководил вопросами восстановления верфей и судостроения |
1768—1770 гг. Скончался во флотилии |
| П.И. Пущин (капитан 1 ранга) |
Командующий прамской эскадры |
1769—1770 гг. Убыл по болезни |
| П.А. Косливцев (капитан 1 ранга) |
Командир Таганрогского порта |
1774 г. |
| Л.К. Ваксель (капитан 2 ранга, с 4.06.1769 г. капитан 1 ранга) |
Командующий эскадры «новоизобретенных» кораблей |
1770 г.
Убыл по болезни |
| Я.Ф. Сухотин (капитан 2 ранга, с 1.03.1770 г. капитан 1 ранга) |
Командующий лодочной эскадры |
1769—1770 гг. |
| Командующий эскадры «новоизобретенных» кораблей |
1770—1773 гг. Убыл по болезни |
| А.Л. Тишевский (капитан 2 ранга, с 4.06.1769 г. капитан 1 ранга) |
Отвечал за заготовку лесов, за постройку фрегатов и их проводку до Таганрога |
1768—1774 гг. |
| И.Г. Кинсберген (капитан 2 ранга) |
Командующий отдельных эскадр |
1773—1774 гг. |
| А. Селецкой (капитан 2 ранга) |
Командир Таганрогского порта |
1770 г. |
| Н. Горяйнов (капитан 2 ранга) |
Командир Таганрогского порта |
1771 г. Скончался во флотилии |
| В. Висленев (капитан 2 ранга) |
Командир Новопавловского порта |
1771—1774 гг. |
| Л.Г. Скрыплев (капитан-лейтенант, с 12.04.1770 г. капитан 2 ранга) |
Командующий лодочной эскадры |
1771 г. |
| Командир Таганрогского порта |
1772 г. Проштрафился и переведен в Петербург |
| Князь Ф. Шаховской (капитан-лейте-нант, с 28.11.1771 г. капитан 2 ранга) |
Командующий прамской эскадры |
1771 г. |
| Командующий лодочной эскадры |
1772 г. |
| Ф.С. Федоров (капитан-лейтенант, с 31.12.1772 г. капитан 2 ранга) |
Командующий первого отряда флотилии действовавшего на море |
1770 г. |
| Командующий лодочной эскадры |
1770 г. |
| С. Тулубьев (капитан-лейтенант, с 31.12.1772 г. капитан 2 ранга) |
Командир Таганрогского порта |
1773 г. Скончался во флотилии |
| Ф. Шмаков (капитан-лейтенант) |
Командовал отрядом из двух кораблей |
1772 г. |
| О. Салтанов (капитан-лейтенант) |
Командовал отрядом из трех кораблей |
1772 г. |
| Н. Реутов (капитан-лейтенант) |
Командовал отрядом из двух кораблей |
1772 г. |
| С. Токмачев (капитан-лейтенант) |
Командовал отрядом из двух кораблей |
1772 г. |
| И. Баскаков (капитан-лейтенант) |
Дважды командовал отрядами кораблей |
1773 г. |
| К. Ивков (капитан-лейтенант) |
Капитан над Керченским портом |
1772—1774 гг. |
